在新的官僚制度出台以后，最终经过一系列商议确定，由张昭、张紘、谢安担任三省长官！
张昭担任中书令，张紘担任内史令，谢安担任尚书令。
三省位比三公，总领百官，一人（我）之下，万人之上！
中书令负责起草文件，内史令负责审核，尚书令负责实行。
由于时局不同，我又在六部的基础上加设三部，因此实际为三省九部！
分别是：吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部、医部、学部、商部。
各部设尚书一名，为主官；左右侍郎各一名，为副官。
分别由：
周瑜担任吏部尚书；
刘巴担任户部尚书；
张允担任礼部尚书；
陶侃担任兵部尚书；
鲁肃担任刑部尚书；
顾雍担任工部尚书；
张机担任医部尚书；
庞德公担任学部尚书；
糜竺担任商部尚书。
各部左右侍郎另有任命，至于地方上行政官员的补缺，则由新官上任的吏部尚书负责任用。
可虽然分了九部，但实际却是分为上六部和下三部，上六部又各设有四司，为二十四司。
一、吏部。
1。吏部司，掌文官品级、调动。
2。组织司，掌封命、朝会、赐予之级。
3。司勋司，掌文官升迁。
4。考功司，掌文武百官功过、善恶之考法及其行状评定。
二、户部。
1。户部司，掌户口、土地、赋税、徭役、婚姻、继嗣之事。
2。财政司，掌天下租赋、物产丰约之宜、水陆道涂之利，岁计所出而支调之。
3。商政司，掌度量之数，管理商业贸易。（该司的职能由于和商部重叠，因此遭到罢免）
4。国库司，掌天下库储、出纳租税、禄粮、食禀之事。
三、礼部。
1。礼部司，掌礼乐、衣冠、符印、表疏、图册、铺设，及百官丧葬。
2。祠部司，掌学校、医院、寺庙、天文之事。（其中掌学校、医院的职能被分给了学部和医部）
3。御膳司，掌陵庙之牲豆酒膳。
4。邦交司，掌诸蕃朝谨外事。
四、兵部。
1。兵部司，掌武官品级、卫府众寡、校考、给告身诸事、兵籍、调遣、贡举、杂请、岁选解状。
2。职方司，掌地图、城隍、镇戎、烽候、防人道路之远近及四夷归化之事。