如今，津田信虎率领大军在6上三面包围本愿寺，但没有下令总攻，他在等海上的情况。
这一次讨伐本愿寺的关键就在海上，只要织田家水军战胜毛利家水军，那本愿寺就会陷入孤立无援的绝境，这等情况下的本愿寺即便是困兽犹斗，也是死路一条了。
大海之上，织田家水军在九鬼嘉隆的率领下，气势汹汹的杀向大阪湾！
九鬼嘉隆率领矢野众、江波众、工藤祐助、智积寺九右卫门尉等出战。
主力是七艘大船，其中一艘是白色安宅船，另外六艘是铁甲安宅船。
织田水军从熊野浦顺风势出，目标直指大阪湾，并在淡轮一带，与从杂贺浦、淡轮浦驶出的本愿寺方的纪伊水军交战。
纪伊水军出动许多小船包围，以箭矢攻击织田家的铁甲船，并未造成有效伤害，九鬼嘉隆让铁甲船以铁炮朝四方射还击，随后以七艘大船驶进纪伊水军的阵势里，刻意接近敌军，然后趁机以船上的大筒轰击敌船，顺利击沉纪伊水军的多数船舰。
纪伊水军惨败，四散逃离。
现在从伊势湾前往大阪湾的纪伊志摩水道通畅，织田水军很快抵达大阪湾的堺町。
留守在堺町的织田家臣向天王寺砦传达九鬼嘉隆水军抵达的消息。
信虎收到消息后立刻上报给织田信长。
随后织田信长连同近卫前久、细川昭元、一色义定前往堺巡视铁甲船。
回到住吉的织田信长招来九鬼嘉隆赏赐他黄金二十枚跟御服十着、菱喰折箱二只，并赐与九鬼嘉隆跟泷川一益千人扶持，泷川一益白船上的将领犬饲助三、渡边佐内、伊藤孙大夫三人也获得黄金六枚跟御服。
毛利家得知织田家水军封锁大阪湾，便不再拖延时间，立刻派遣儿玉就英等人率领六百艘战船杀来，誓要将织田家水军全部消灭。
毛利家水军浩浩荡荡的杀来，九鬼嘉隆立刻率领织田家水军出战，双方在木津川口南边的海域相遇。
九鬼嘉隆见到敌军战船，便将船队呈“一”字排开。
而毛利军依然展开“蝴蝶之阵”，由儿玉就英率队开始对九鬼水军进行分割包围战术。
九鬼嘉隆看起来无法抵御敌军，铁甲船上火绳枪的也攻击无法阻挡行动迅的村上水军的逼近，行动迟缓的铁甲船不久就被村上水军包围。
村上武吉在儿玉就英队将织田军包围后向南移动，企图直接越过封锁线。此时，九鬼嘉隆引船冲击毛利船队，由于小早船吃水浅，毛利军的数艘战船竟被直径撞翻了。村上武吉大惊。
毛利水军故伎重演，想要重演第一次木津川口合战的战术，用“焙烙火矢”对织田军进行火攻，因铁甲船高大而覆有铁皮，使得火矢命中船体后不能插入，纷纷落入水中，铁炮射的弹丸亦被弹开。村上武吉一计不成，只好改变战法，利用数量和度上的优势逼近铁甲船，企图进行跳帮接弦战。
村上武吉遣五路船队杀向织田军，就在毛利水军接近之时，织田军用大筒攻击毛利水军船大将所在的指挥船。
在九鬼嘉隆的指挥下，织田采用集火战术，将所有火力集中在一艘船上，一次齐射直接打掉了毛利水军数艘先的指挥船。
村上武吉等船大将被吓了一大跳，不敢再靠近。
九鬼嘉隆一看，大笑道：“毛利水军不足惧了，儿郎们杀啊！”
他亲率船队主动推进，接连击沉数十艘毛利战船。毛利水军毫无应敌之策，只能眼睁睁的看着自己的战船一艘接一艘的被打掉。
最终村上武吉和儿玉就英只得下令撤军。
毛利水军在大阪湾惨败，损失上百艘战船，之后又和织田水军在播磨附近海域交战，再度败退，损失惨重。
这下，毛利水军根本就不敢去大阪湾方向，水军龟缩在伊予以西，不再再东进。
毛利家失去了水军优势，威望大跌。
织田信长得知海战大胜的消息，更是叫嚣五年内就灭了毛利家，统一天下！
现在，织田家再度封锁大阪湾，本愿寺彻底孤立无援。
信虎这才出手，布置对本愿寺的攻城战。
信虎指挥织田军扫清了本愿寺山脚下的所有据点，将本愿寺困在石山上。
本愿寺显如显然不想投降，他一边固守石山，一边派人下山进入京都活动，试图与织田信长议和。